«ZƏNGİ» liseyi Azərbaycan Respublikası Milli Elmlər Akademiyasının Riyaziyyat və Mexanika İnstitutunun  təqdimatı ilə Nizami RİH-nin başçısının 27.07.1992-ci il tarixli 699 saylı sərəncamı, Azərbaycan Respublikası Təhsil nazirinin 28.07.1992-ci il tarixli 684 saylı sərəncamı və Bakı şəhəri İcra Hakimiyyəti başçısının 14.08.1992-ci il tarixli 1159 saylı sərəncamı ilə yaradılmışdır. 1993-cü ilin oktyabr ayından liseyə mustəqil təhsil müəssisəsi statusu verilmiş və 289 saylı məktəb - «ZƏNGİ» liseyi adlandrılmişdır. 2007-ci ilin yanvar ayından lisey Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin tərkibində fəaliyyət göstərir. Liseydə ixtisaslaşma kibernetika biokimya və genetika, humanitar profilləri üzrə aparılır. Təhsilə 8-ci sinifdən başlayan liseydə 1995-cı ildən 7-ci sinif, 1997-ci ildən 5-ci sinif, 1999-ci ildən isə 1-ci sinif və humanitar profilli bölmə fəaliyyətə başlamışdır. 2001-ci ilədək lisey mövcud ikimərtəbəli binanın yalnız birinci mərtəbəsində yerləşirdi. 2001-ci ildən bina Təhsil nazirliyi tərəfindən tamamilə liseyə verildi.